Transferência tecnológica durante a pandemia de covid-19: relato do primeiro treinamento prático presencial no Brasil / Technology transfer during the COVID-19 pandemic: report on the first face-to-face practical training course in Brazil / Transferencia de tecnología durante la epidemia de COVID-19 en Brasil: informe de la primera formación práctica presencial

O relato descreveu o primeiro curso presencial visando capacitar profissionais de saúde pública na realização de vigilância genômica em tempo real, durante períodos pandêmicos. Relato de experiência sobre um curso teórico-prático com foco em pesquisa e vigilância genômica, incluindo tecnologias de sequenciamento móvel, bioinformática, filogenética e modelagem epidemiológica. O evento contou com 162 participantes e foi o primeiro grande treinamento presencial realizado durante a epidemia de covid-19 no Brasil. Não foi detectada infecção pelo SARS-CoV-2 ao final do evento em nenhum participante, sugerindo a segurança e efetividade de todas as medidas de segurança adotadas. Os resultados do evento sugerem que é possível executar capacitação profissional com segurança durante pandemias, desde que seguidos todos os protocolos de segurança.

The objective of this report was to describe the first face-to-face course aimed at training public health professionals in performing real-time genomic surveillance during the pandemic period. Experience report on a theoretical-practical course focusing on genomic research and surveillance, including mobile sequencing technologies, bioinformatics, phylogenetics and epidemiological modeling. There were 162 participants in the event and it was the first major face-to-face training course conducted during the COVID-19 epidemic in Brazil. No cases of SARS-CoV-2 infection was detected among the participants at the end of the event, suggesting the safety and effectiveness of all safety measures adopted. The results of this experience suggest that it is possible to conduct professional training safely during pandemics, as long as all safety protocols are followed.

Este estudio tuvo como objetivo describir el primer curso presencial para capacitar a los profesionales de la salud pública para llevar a cabo la vigilancia genómica en tiempo real durante los períodos de pandemia. Este es un informe de experiencia en un curso teórico-práctico centrado en la investigación y vigilancia genómica, que incluye secuenciación móvil, bioinformática, filogenética y tecnologías de modelado epidemiológico. Este evento contó con la asistencia de 162 participantes y fue la primera gran capacitación presencial realizada durante la epidemia de COVID-19 en Brasil. No se detectó infección por SARS-CoV-2 al final del evento en ningún participante, lo que sugiere la seguridad y efectividad de todas las medidas de seguridad adoptadas. Por lo tanto, los resultados del evento sugieren que es posible realizar entrenamientos profesionales de manera segura durante pandemias, siempre y cuando se sigan todos los protocolos de seguridad.

Proceso de consenso en modelos mentales y aplicación al desarrollo de software ágil en bioinformática / Consensus process in mental models and its application to agile software development in bioinformatics

Los mapas cognitivos difusos han resultado útiles para la representación de modelos mentales tanto individuales como colectivos. Para problemas tales como el análisis de sistemas complejos y la toma de decisiones usualmente resulta útil realizar un proceso de consenso que permita lograr en el grupo un estado de acuerdo mutuo entre sus miembros. En el presente trabajo se desarrolla un modelo para procesos de consenso en modelos mentales con el uso de mapas cognitivos difusos y de la computación con palabras mediante el modelo de representación lingüística basada en 2-tuplas. El modelo se presenta de forma gráfica y se describen sus principales actividades. Se presenta un caso de estudio aplicado al desarrollo de software para la bioinformática...

Fuzzy cognitive maps have proven useful to represent both individual and group mental models. When dealing with problems such as the analysis of complex systems or decision making, it is usually advisable to perform a consensus process allowing to achieve mutual agreement between the members of the team. In this paper a model is developed for consensus processes in mental models with the use of fuzzy cognitive maps and computing with words, based on the 2-tuple linguistic representation model. The model is shown graphically and a description is provided of its main activities. A study case is presented which has to do with software development for bioinformatics...

Bioinformática: una brecha en la formación en el Sistema Nacional de Salud / Bioinformatics: a gap in the formation of professionals in the health care system

La bioinformática es una disciplina que emergió a partir del vasto volumen de información derivada del Proyecto Genoma Humano y ha transformado radicalmente las posibilidades de abordar los procesos biológicos a todos sus niveles de organización. Numerosas bases de datos y otros recursos se encuentran hoy disponibles a través de Internet, y se han desarrollado diversas herramientas para extraer, analizar y producir nuevos conocimientos útiles para la mejor comprensión del proceso salud-enfermedad, así como para el diseño y la validación de nuevos medicamentos y pruebas diagnósticas. La incorporación de la bioinformática en la formación de los recursos humanos dentro de las ciencias médicas, en marcha en muchas universidades de otros países en las carreras del perfil biológico, es una necesidad para la preparación del personal ante las transformaciones que tienen y tendrán lugar en la medicina a partir de la introducción de los resultados de los avances en la genética, la biología molecular y otras ciencias relacionadas. Además de facilitar la asimilación de los contenidos relacionados con los hallazgos que se aplicarán a la práctica médica y que deberán incluirse en la docencia de pregrado y en los estudios de especialización, la bioinformática puede fomentar la creación de grupos multidisciplinarios y novedosos modelos para la investigación-desarrollo dentro del sistema nacional de salud en Cuba

Bioinformatics is a discipline which comes from the huge volume of information derived from the Human Genome Project and has radically changed the opportunities of addressing the biological processes at all their organizational levels. A number of databases and other resources are presently available on Internet; similarly, several tools allow drawing, analyzing and developing new useful pieces of knowledge for a better understanding of the health/disease process, as well as for the design and validation of new drugs and diagnostic tests. The introduction of bioinformatics in the formation of human resources within the medical sciences, a process underway in many universities of other nations in the biological profiled careers, is a requirement for the preparation of the staff to face the changes that are taking place and will take place in medicine as a result of the advances in genetics, molecular biology and other related sciences. In addition to facilitating the assimilation of contents associated to the findings that will be applied in the medical practice and that should be included in undergraduate teaching and in the specialization studies, bioinformatics may encourage the creation of multidisciplinary groups and of new models for research and development in the national healthcare of Cuba

MAPS: An interactive web server for membrane annotation of transmembrane protein structures.

The exact positioning of the membrane in transmembrane (TM) proteins plays important functional roles. Yet, the structures of TM proteins in protein data bank (pdb) have no information about the explicit position of the membrane. Using a simple hydrophobic lipid-protein mismatch energy function and a flexible lipid/water boundary, the position of lipid bilayer for representative TM proteins in pdb have been annotated. A web server called MAPS (Membrane Annotation of Protein Structures; available at: http://www.boseinst.ernet.in/gautam/maps) has been set up that allows the user to interactively analyze membrane-protein orientations of any uploaded pdb structure with user-defined membrane flexibility parameters.

Necesidad de un centro nacional de bioinformática y biología computacional para Colombia / The need for a Colombian bioinformatics and computational biology centre

Los principales y más revolucionarios avances de la biología en este siglo se han derivado de la información proveniente de genomas completos de diferentes organismos. Los descubrimientos que se derivan de la genómica están generando un nuevo paradigma en la biología, sustituyendo la era de la biología centrada en los genes por aquella centrada en los genomas. Este nuevo concepto es base para desarrollos de gran potencial e impacto social en diferentes áreas como la medicina, la agricultura y la industria. El éxito en el desarrollo de métodos de última generación para la secuenciación de genomas, la proteómica y todas las “omicas”, ha contribuido al surgimiento de nuevas posibilidades para el análisis de la enorme cantidad de datos que se están generando mediante el uso de herramientas computacionales, dando origen a una nueva rama de estudio conocida como bioinformática o biología computacional.Este trabajo hace una revisión general del desarrollo de la bioinformática y la biología computacional en Colombia. Inicialmente, a modo de comparación, describimos el desarrollo de esta ciencia en otros países latinoamericanos que son reconocidos en el área. Finalmente, se discuten los principales aspectos que van a jugar un papel importante en el futuro de esta ciencia en nuestro país, y que además justifican la necesidad de crear un centro nacional de bioinformática y biología computacional.

The main, most revolutionary advances in biology during this century have arisen from information being provided from revealing different organisms’ complete genomes. The discoveries deriving from genomics are leading to a new paradigm in biology, the era of gene-centred biology being substituted for that centred on genomes. Such new concepts represent the basis for developments with great potential and social impact in different areas such as medicine, agriculture and industry. The successful development of latestgeneration methods for genome sequencing, proteomics and all the other “-omics” has contributed towards an enormous amount of genetic data being produced that needs to be analyzed using computational tools. This has led to the development of a new area called bioinformatics or computational biology.The present work gives a general overview of the development of bioinformatics and computational biology in Colombia. The justification for the establishment of a National ioinformatics and computational biology centre is discussed, as well as some aspects that will be crucial for developing this science in Colombia.

La bioinformática en la práctica médica: Integración de datos biológicos y clínicos / Integration of clinical and biological data in clinical practice using bioinformatics

The aim of our work is to describe essential aspects of Medical Informatics, Bioinformatics and Biomedical Informatics, that are used in biomedical research and clinical practice. These disciplines have emerged from the need to find new scientific and technical approaches to manage, store, analyze and report data generated in clinical practice and molecular biology and other medical specialties. It can be also useful to integrate research information generated in different areas of health care. Moreover, these disciplines are interdisciplinary and integrative, two key features not shared by other areas of medical knowledge. Finally, when Bioinformatics and Biomedical Informatics approach to medical investigation and practice are applied, a new discipline, called Clinical Bioinformatics, emerges. The latter requires a specific training program to create a new professional profile. We have not been able to find a specific training program in Clinical Bioinformatics in Spain.

Introduçäo à informática nas áreas de saúde e biológicas na UFPE / Introduction to informatic in health and biological areas in UFPE

Neste trabalho é apresentado o desenvolvimento de um programa de ensino e pesquisa para consolidação de um grupo em bioinformática na Universidade Federal de Pernambuco. O grupo vem desenvolvendo projetos e organizando cursos de informática aplicada às ciências da saúde e biológicas para alunos de graduação e pós-graduação, bem como para professores visando à inserção da informática no programa de suas disciplinas.

Edubiosoft: um software auxiliar no ensino de bioquímica / Edubiosoft: auxiliary software in biochemistry lectures

Com a finalidade de aprimorar o ensino de buioquímica, através de novas técnicas de lecionamento, foi desenvolvido nos Setores de Biotecnologia e de Bioinformática do LIKA, o programa EDUBIOSOFT, que através da utilização integrada de textos e imagens fornece ao aluno uma ferramenta de apoio ao aprendizado e avaliação do conhecimento de temas da bioquímica.